ניתן לחלק את העיקרון של המיקרו-משאבה למספר חלקים מרכזיים כדי לתאר בבירור, להלן הסבר מפורט על העיקרון שלה:
עקרון פריחה עצמית:
המיקרו-משאבה יכולה לספוג מים ללא הסחה, מה שאומר שיש לה פונקציית פריצה עצמית.
כאשר צינור השאיבה של המשאבה הוא אוויר, נעשה שימוש בלחץ השלילי (וואקום) הנוצר כאשר המשאבה פועלת, ולחץ המים מתחת לפתח השאיבה עולה תחת פעולת לחץ אטמוספרי, ולאחר מכן נפלט מקצה הניקוז של המשאבה.
ראוי לציין שלמרות שלחלק מהמיקרו-משאבות יש גם יכולת ניפוח עצמית, גובה ההדחה העצמית המקסימלי שלהן עשוי להתייחס רק לגובה המים שניתן להרים "לאחר הוספת מים", ולא התחושה האמיתית של פריחה עצמית. .